HAM-TBS: high-accuracy methylation measurements via targeted bisulfite sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The ability to accurately and efficiently measure DNA methylation is critical to advance the understanding of this epigenetic mechanism and its contribution to common diseases. Here, we present a highly accurate method to measure methylation using bisulfite sequencing (termed HAM-TBS). This novel method is able to assess DNA methylation in multiple samples with high accuracy in a cost-effective manner. We developed this assay for the FKBP5 locus, an important gene in the regulation of the stress system and previously linked to stress-related disorders, but the method is applicable to any locus of interest. RESULTS: HAM-TBS enables multiplexed analyses of up to 96 samples and regions spanning 10 kb using the Illumina MiSeq. It incorporates a triplicate bisulfite conversion step, pooled target enrichment via PCR, PCR-free library preparation and a minimum coverage of 1000×. TBS was able to resolve DNA methylation levels with a mean accuracy of 0.72%. Using this method, we designed and validated a targeted panel to specifically assess regulatory regions within the FKBP5 locus that are not covered in commercially available DNA methylation arrays. CONCLUSIONS: HAM-TBS represents a highly accurate, medium-throughput sequencing approach for robust detection of DNA methylation changes in specific target regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».