Megaphages infect Prevotella and variants are widespread in gut microbiomes
Notice bibliographique
Résumé
Bacteriophages (phages) dramatically shape microbial community composition, redistribute nutrients via host lysis and drive evolution through horizontal gene transfer. Despite their importance, much remains to be learned about phages in the human microbiome. We investigated the gut microbiomes of humans from Bangladesh and Tanzania, two African baboon social groups and Danish pigs; many of these microbiomes contain phages belonging to a clade with genomes >540 kilobases in length, the largest yet reported in the human microbiome and close to the maximum size ever reported for phages. We refer to these as Lak phages. CRISPR spacer targeting indicates that Lak phages infect bacteria of the genus Prevotella. We manually curated to completion 15 distinct Lak phage genomes recovered from metagenomes. The genomes display several interesting features, including use of an alternative genetic code, large intergenic regions that are highly expressed and up to 35 putative transfer RNAs, some of which contain enigmatic introns. Different individuals have distinct phage genotypes, and shifts in variant frequencies over consecutive sampling days reflect changes in the relative abundance of phage subpopulations. Recent homologous recombination has resulted in extensive genome admixture of nine baboon Lak phage populations. We infer that Lak phages are widespread in gut communities that contain the Prevotella species, and conclude that megaphages, with fascinating and underexplored biology, may be common but largely overlooked components of human and animal gut microbiomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».