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Enregistrement W2951720452 · doi:10.1038/s41431-019-0438-x

Searching for secondary findings: considering actionability and preserving the right not to know

2019· article· en· W2951720452 sur OpenAlexaff
Bertrand Isidor, Sophie Julia, Pascale Saugier-Véber, Paul‐Loup Weil‐Dubuc, Stéphane Bezieau, Éric Bieth, Jean‐Paul Bonnefont, Arnold Münnich, Franck Bourdeaut, Catherine Bourgain, Nicolas Chassaing, Nadège Corradini, Damien Haye, Julie Plaisancie, Delphine Dupin‐Deguine, Patrick Calvas, Cyril Mignot, Benjamin Cogné, Sylvie Manouvrier, Laurent Pasquier, Delphine Héron, Kym M. Boycott, Mauro Turrini, Danya F. Vears, Mathilde Nizon, Marie Vincent

Notice bibliographique

RevueEuropean Journal of Human Genetics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesAgence Nationale de la Recherche
Mots-clésRight to knowNeed to knowComputer scienceMedicinePsychologyComputer securityPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Secondary findings (SF) differ from incidental findings as they are actively sought and systematically evaluated using a list of genes selected based on guidelines developed by professional societies in various jurisdictions. Despite some authors stating that a “consensus regarding the return of secondary genomic findings in the clinical setting has been reached” [ 1 ], we believe that further consideration of the issue is required. In particular, given the absence of scientific evidence of pathogenicity of these allegedly causative variants in unaffected individuals, the question remains as to how beneficial the knowledge of these variants is to the patient, and his/her relatives.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,174
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,454
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,174
Score d'incertitude au seuil0,920

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1740,454
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,003
Bibliométrie0,0040,002
Études des sciences et des technologies0,0070,026
Communication savante0,0140,028
Science ouverte0,0070,014
Intégrité de la recherche0,0140,015
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0170,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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