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Enregistrement W2951721000 · doi:10.1021/bk-2006-0932.ch011

Practical Applications of Computational Studies of the Glycosylation Reaction

2006· book-chapter· en· W2951721000 sur OpenAlexaff
Dennis M. Whitfield, Tomoo Nukada

Notice bibliographique

RevueACS symposium series · 2006
Typebook-chapter
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueCarbohydrate Chemistry and Synthesis
Établissements canadiensInstitute for Biological Sciences
Organismes subventionnairesRIKEN
Mots-clésChemistryPyranoseIntramolecular forceNucleophileRing (chemistry)Conformational isomerismComputational chemistryIonHydrogen bondDensity functional theoryCrystallographyStereochemistryMoleculeOrganic chemistryCatalysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A qualitative summary of our canonical vector representation of the conformations of six membered rings and its quantitative application to sugar pyranose rings is presented first. This representation is illustrated for the results of Density Functional Theory (DFT) optimized structures of per O-methylated D-lyxo, D-manno and D-gluco-configured oxacarbenium ions where two conformers are consistently found. Nucleophilic attack modelled with methanol is found to lead to intramolecular hydrogen bonding from the hydroxylic proton to electronegative oxygens of the oxacarbenium ion. As well, the ring conformation is found to change with the C-5-O-5--C-1-C-2 torsion angle moving from nearly planar in the isolated cations to more negative values in the case of α-approach and to more positive values for β-attack. This can be favorable or unfavorable depending on the protecting groups present with for example 4,6-benzylidene protection favoring β-attack with D-manno-configured ions whereas for D-gluco-configured ions α-approach is favorable. Extending the DFT studies to 2-O-acetyl analogues finds similar pairs of cations and raises the important issue of the order of ring inversion or 0-2 bond rotation during the formation of ring inverted dioxolenium ions which in some cases are calculated to be very stable. Finally, an example using complex constraints is described which led to the design and development of 2,6-dimethylbenzoyl and 2,6-dimethoxybenzoyl as O-2 protecting groups which greatly minimize the acyl transfer side reaction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,623
Score d'incertitude au seuil0,728

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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