MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2951825561 · doi:10.1038/s41579-019-0214-5

Whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis: current standards and open issues

2019· review· en· W2951825561 sur OpenAlexaff
Conor J. Meehan, Galo A. Goig, Thomas A. Kohl, Lennert Verboven, Anzaan Dippenaar, Matthew Ezewudo, Maha Farhat, Jennifer L. Guthrie, Kris Laukens, Paolo Miotto, Boatema Ofori-Anyinam, Viola Dreyer, Philip Supply, Anita Suresh, Christian Utpatel, Dick van Soolingen, Yang Zhou, Philip Ashton, Daniela Brites, Andrea Maurizio Cabibbe, Bouke C. de Jong, Margaretha de Vos, Fabrizio Menardo, Sébastien Gagneux, Qian Gao, Tim H. Heupink, Qingyun Liu, Chloé Loiseau, Leen Rigouts, Timothy C. Rodwell, Elisa Tagliani, A Sarah Walker, Robin M. Warren, Yanlin Zhao, Matteo Zignol, Marco Schito, Jennifer L. Gardy, Daniela María Cirillo, Stefan Niemann, Iñaki Comas, Annelies Van Rie

Notice bibliographique

RevueNature Reviews Microbiology · 2019
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTuberculosis Research and Epidemiology
Établissements canadiensGlobal Institute for Water SecurityCentre for Global Health ResearchOkanagan University CollegeUniversity of British Columbia, Okanagan CampusUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesAgence Nationale de la RechercheNational Institute for Health and Care ResearchWorld Health Organization
Mots-clésMycobacterium tuberculosisWhole genome sequencingBiologyTuberculosisGenomeComputational biologyGeneticsMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,009
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,032

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,009
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0030,004
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0040,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,087
Tête enseignante GPT0,451
Écart entre enseignants0,364 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations429
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentnon

Explorer davantage

Même revueNature Reviews MicrobiologyMême sujetTuberculosis Research and EpidemiologyTravaux en français237 207