Denitrifying metabolism of the methylotrophic marine bacterium <i>Methylophaga nitratireducenticrescens</i> strain JAM1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Methylophaga nitratireducenticrescens strain JAM1 is a methylotrophic, marine bacterium that was isolated from a denitrification reactor treating a closed-circuit seawater aquarium. It can sustain growth under anoxic conditions by reducing nitrate (NO 3 − ) to nitrite (NO 2 − ), which accumulates in the medium. These physiological traits are attributed to gene clusters that encode two dissimilatory nitrate reductases (NarGHJI). M. nitratireducenticrescens strain JAM1 also contains gene clusters encoding two putative nitric oxide reductase (NO) reductases and one putative nitrous oxide (N 2 O) reductase, suggesting that NO and N 2 O can be reduced by strain JAM1. In this study, we show that strain JAM1 can reduce NO to N 2 O and N 2 O to N2 and can sustain growth under anoxic conditions by reducing N 2 O as the sole electron acceptor. Although strain JAM1 lacks a gene encoding a dissimilatory copper-(NirK) or cytochrome cd1-type (NirS) NO 2 − reductase, NO 3 − -amended strain JAM1 cultures produce N 2 O, representing up to 6% of the N-input. NO 2 − was shown to be the key intermediate of this production process. In NO 3 − amended cultures, we analyzed denitrification genes in succession of net N 2 O-production and -consumption phases at the gene expression level. These phases were found to correlate with changes in the expression levels of the NO reductase gene cnorB1 and nnrS , which indicated NO production in the cultures. Importance By showing that all the three denitrification reductases are active, this demonstrates that Methylophaga nitratireducenticrescens JAM1 is one of many bacteria species that maintain genes associated primarily with denitrification, but not necessarily related to the maintenance of the entire pathway. The reason to maintain such incomplete pathway could be related to the specific role of strain JAM1 in the denitrifying biofilm of a denitrification reactor from which it originates. The small production of N 2 O via NO in strain JAM1 did not involve Nar contrary to what was demonstrated in Escherichia coli. M. nitratireducenticrescens JAM1 is the only reported Methylophaga species that has the capacity to grow under anoxic conditions by using NO 3 − and N 2 O as sole electron acceptors for its growth. It is also one of a few marine methylotrophs that is studied at the physiological and genetic levels in relation to its capacity to perform denitrifying activities.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».