B Cell Defects Observed in <i>Nod2</i> Knockout Mice Are a Consequence of a <i>Dock2</i> Mutation Frequently Found in Inbred Strains
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Phenotypic differences among substrains of laboratory mice due to spontaneous mutations or pre-existing genetic variation confound the interpretation of targeted mutagenesis experiments and contribute to challenges with reproducibility across institutions. Notably, C57BL/6 Hsd mice and gene-targeted mice that have been backcrossed to this substrain have been reported to harbor a duplication in exons 28 and 29 of Dock2. In this study, we demonstrate the presence of this Dock2 variant in the widely used Nod2−/− mice. Nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 2 (NOD2) is a cytosolic innate immune receptor associated with inflammatory bowel disease susceptibility. Consistent with a role of NOD2 in an immunological disorder, Nod2−/− mice bred at our institution displayed multiple B cell defects including deficiencies in recirculating B cells, marginal zone B cells, and B1a cells in vivo, as well as defects in class switch recombination in vitro. However, we found that these effects are due to the Dock2 variant and are independent of Nod2 deletion. Despite originating from the same gene-targeted founder mice, Nod2−/− mice from another source did not harbor the Dock2 variant or B cell defects. Finally, we show that Dock2−/− mice display the same B cell defects as mice harboring the Dock2 variant, confirming that the variant is a loss-of-function mutation and is sufficient to explain the alterations to the B cell compartment observed in Nod2−/− mice. Our findings highlight the effects of confounding mutations from widely used inbred strains on gene-targeted mice and reveal new functions of DOCK2 in B cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».