Open Chromatin Profiling in Adipose Tissue Marks Genomic Regions with Functional Roles in Cardiometabolic Traits
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Identifying the regulatory mechanisms of genome-wide association study (GWAS) loci affecting adipose tissue has been restricted due to limited characterization of adipose transcriptional regulatory elements. We profiled chromatin accessibility in three frozen human subcutaneous adipose tissue needle biopsies and preadipocytes and adipocytes from the Simpson Golabi-Behmel Syndrome (SGBS) cell strain using an assay for transposase-accessible chromatin (ATAC-seq). We identified 68,571 representative accessible chromatin regions (peaks) across adipose tissue samples (FDR < 5%). GWAS loci for eight cardiometabolic traits were enriched in these peaks (P < 0.005), with the strongest enrichment for waist-hip ratio. Of 110 recently described cardiometabolic GWAS loci colocalized with adipose tissue eQTLs, 59 loci had one or more variants overlapping an adipose tissue peak. Annotated variants at the SNX10 waist-hip ratio locus and the ATP2A1-SH2B1 body mass index locus showed allelic differences in regulatory assays. These adipose tissue accessible chromatin regions elucidate genetic variants that may alter adipose tissue function to impact cardiometabolic traits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».