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Enregistrement W2952417592 · doi:10.1101/173435

Genomic dissection of bipolar disorder and schizophrenia including 28 subphenotypes

2017· preprint· en· W2952417592 sur OpenAlexaff
Douglas M. Ruderfer, Stephan Ripke, Andrew McQuillin, James Boocock, Eli A. Stahl, Jennifer M. Whitehead Pavlides, Niamh Mullins, Alexander W. Charney, Anil P. S. Ori, Loes M. Olde Loohuis, Enrico Domenici, Arianna Di Florio, Sergi Papiol, János Kálmán, Rolf Adolfsson, Ingrid Agartz, Esben Agerbo, Huda Akil, Diego Albani, Margot Albus, Martin Alda, Madeline Alexander, Judith Allardyce, Ney Alliey‐Rodriguez, Thomas D. Als, Farooq Amin, Adebayo Anjorin, María J. Arranz, Swapnil Awasthi, Silviu‐Alin Bacanu, Judith A. Badner, Marie Bækvad‐Hansen, Steven C. Bakker, Gavin Band, Jack D. Barchas, Inês Barroso, Nicholas Bass, Michael Bauer, Bernhard T. Baune, Martin Begemann, Céline Bellenguez, Richard A. Belliveau, Frank Bellivier, Stephan Bender, Judit Bene, Sarah E. Bergen, Wade H. Berrettini, Elizabeth Bevilacqua, Joanna M. Biernacka, Tim B. Bigdeli, Donald W. Black, Hannah Blackburn, Jenefer M. Blackwell, Douglas Blackwood, Carsten Bøcker Pedersen, Michael Boehnke, Marco P. Boks, Anders D. Børglum, Elvira Bramon, Gerome Breen, Matthew A. Brown, Richard Bruggeman, Nancy G. Buccola, Randy L. Buckner, Monika Budde, Brendan Bulik‐Sullivan, Suzannah J. Bumpstead, William E. Bunney, Margit Burmeister, Joseph D. Buxbaum, Jonas Bybjerg‐Grauholm, William Byerley, Wiepke Cahn, Guiqing Cai, Murray J. Cairns, Dominique Campion, Rita M. Cantor, Vaughan J. Carr, Noa Carrera, Juan P. Casas, Miguel Casas, Stanley V. Catts, Pablo Cervantes, Kimberley D. Chambert, Raymond Chan, Eric Chen, Ronald Y.L. Chen, Wei Cheng, Eric FC Cheung, Siow Ann Chong, Toni‐Kim Clarke, C. Robert Cloninger, Doron Cohen, Nadine Cohen, Jonathan R. I. Coleman, David Collier, Paul Cormican, William Coryell, Nicholas Craddock, David W. Craig, Benedicto Crespo‐Facorro, Cristiana Cruceanu, David Curtis, Piotr M. Czerski, Anders M. Dale, Mark J. Daly, Udo Dannlowski, Ariel Darvasi, Michael Davidson, Kenneth L. Davis, Christiaan de Leeuw, Franziska Degenhardt, Jurgen Del‐Favero, Lynn E. DeLisi, Panos Deloukas, Ditte Demontis, J. Raymond DePaulo, Marta Di Forti, Dimitris Dikeos, Timothy G. Dinan, Srdjan Djurovic, Amanda Dobbyn, Peter Donnelly, Gary Donohoe, Elodie Drapeau, Serge Dronov, Jubao Duan, Frank Dudbridge, Audrey Duncanson, Howard J. Edenberg, Sarah Edkins, Hannelore Ehrenreich, Peter Eichhammer, Torbjørn Elvsåshagen, Johan G. Eriksson, Valentina Escott‐Price, Tõnu Esko, Laurent Essioux, Bruno Étain, Chun Chieh Fan, Kai-How Farh, Martilias S. Farrell, Matthew Flickinger, Tatiana Foroud, Liz Forty, Josef Frank, Lude Franke, Christine Fraser, Robert Freedman, Colin L. Freeman, Joseph I. Friedman, Menachem Fromer, Mark A. Frye, Janice M. Fullerton, Katrin Gade, Julie Garnham, Héléna A. Gaspar, Pablo V. Gejman, Giulio Genovese, Lyudmila Georgieva, Claudia Giambartolomei, Eleni Giannoulatou, Ina Giegling, Michael Gill, Matthew Gillman, Marianne Giørtz Pedersen, Paola Giusti‐Rodríguez, Stephanie Godard, Fernando S. Goes, Jacqueline I. Goldstein, Srihari Gopal, Scott D. Gordon, Katherine Gordon‐Smith, Jacob Gratten, Emma Gray, Elaine Green, Melissa J. Green, Tiffany A. Greenwood, Maria Grigoroiu‐Serbânescu, Jakob Grove, Weihua Guan, Hugh Gurling, José Guzmán‐Parra, Rhian Gwilliam, Lieuwe de Haan, Jérémy Hall, Mei‐Hua Hall, Christian Hammer, Naomi Hammond, Marian L. Hamshere, Mark Hansen, Thomas van Overeem Hansen, Vahram Haroutunian, Annette M. Hartmann, Joanna Hauser, Martin Hautzinger, Urs Heilbronner, Garrett Hellenthal, Frans A. Henskens, Stefan Herms, Maria Hipolito, Joel N. Hirschhorn, Per Hoffmann, Mads V. Hollegaard, David M. Hougaard, Hailiang Huang, Laura M. Huckins, Christina M. Hultman, Sarah Hunt, Masashi Ikeda, Nakao Iwata, Conrad Iyegbe, Assen Jablensky, Stéphane Jamain, Janusz Jankowski, Alagurevathi Jayakumar, Inge Joa, Ian Jones, Lisa Jones, Erik G. Jönsson, Antonio Julià, Anders Juréus, Anna K. Kähler, René S. Kahn, Luba Kalaydjieva, Radhika Kandaswamy, Sena Karachanak-Yankova, Juha Karjalainen, Robert Karlsson, David Kavanagh, Matthew C. Keller, Brian Kelly, John R. Kelsoe, James L. Kennedy, Andrey Khrunin, Yunjung Kim, George Kirov, Sarah Kittel‐Schneider, Jānis Kloviņš, Jo Knight, Sarah Knott, James A. Knowles, Manolis Kogevinas, Bettina Konte, Eugenia Kravariti, Vaidutis Kučinskas, Zita Aušrelė Kučinskienė, Ralph Kupka, Hana Kuzelova-Ptackova, Mikael Landén, Cordelia Langford, Claudine Laurent, Jacob Lawrence, Stephen M. Lawrie, William Lawson, Markus Leber, Marion Leboyer, Phil H. Lee, Jimmy Lee, Sophie E. Legge, Todd Lencz, Bernard Lerer, Douglas F. Levinson, Shawn Levy, Cathryn M. Lewis, Jun Z. Li, Miaoxin Li, Qingqin S. Li, Tao Li, Kung-Yee Liang, Jennifer Liddle, Jeffrey A. Lieberman, Limborskaia Sa, Kuang Lin, Don Linszen, Jolanta Lissowska, Chunyu Liu, Jianjun Liu, Jouko Lönnqvist, Carmel M. Loughland, Jan Lubiński, Susanne Lucae, Milan Maçek, Donald J. MacIntyre, Patrik K. E. Magnusson, Brion S. Maher, Pamela B. Mahon, Wolfgang Maier, Anil K. Malhotra, Jacques Mallet, Ulrik Fredrik Malt, Hugh S. Markus, Sara Marsal, Nicholas G. Martin, Ignácio F. Mata, Christopher G. Mathew, Manuel Mattheisen, Morten Mattingsdal, Fermín Mayoral, Owen T McCann, Robert W. McCarley, Steven A. McCarroll, Mark I. McCarthy, Colm McDonald, Susan L. McElroy, Peter McGuffin, Melvin Mclnnis, Andrew M. McIntosh, James McKay, Francis J. McMahon, Helena Medeiros, Sarah E. Medland, Sandra Meier, Carin J. Meijer, Béla Melegh, Ingrid Melle, Fan Meng, Raquelle I. Mesholam‐Gately, Andres Metspalu, Patricia T. Michie, Lili Milani, Philip B. Mitchell, Younes Mokrab, Grant W. Montgomery, Jennifer L. Moran, Gunnar Morken, Derek W. Morris, Ole Mors, Preben Bo Mortensen, Bryan Mowry, Thomas W. Mühleisen, Bertram Müller‐Myhsok, Kieran C. Murphy, Robin Murray, R Myers, Inez Myin‐Germeys, Benjamin M. Neale, Mari Nelis, Igor Nenadić, Deborah A. Nertney, Gerald Nestadt, Kristin K. Nicodemus, Caroline M. Nievergelt, Liene Ņikitina-Zaķe, Vishwajit L. Nimgaonkar, Laura Nisenbaum, Merete Nordentoft, Annelie Nordin, Markus M. Nöthen, Evaristus Nwulia, Eadbhard O’Callaghan, Claire O’Donovan, O’Dushlaine Colm, F. Anthony O’Neill, Ketil J. Øedegaard, Sang-Yun Oh, Ann Olincy, Line Olsen, Lilijana Oruč, Jim van Os, Michael J. Owen, Sara A. Paciga, Aarno Palotie, Christos Pantelis, George N. Papadimitriou, Elena Parkhomenko, Carlos N. Pato, Michele T. Pato, Tiina Paunio, Richard D. Pearson, Diana O. Perkins, Roy H. Perlis, Amy Perry, Tune H. Pers, Tracey L. Petryshen, Andrea Pfennig, Marco Picchioni, Olli Pietiläinen, Jonathan Pimm, Matti Pirinen, Robert Plomin, Andrew Pocklington, Daniëlle Posthuma, James B. Potash, Simon Potter, John Powell, Alkes L. Price, Ann E. Pulver, Shaun Purcell, Digby Quested, Josep Antoni Ramos‐Quiroga, Henrik Berg Rasmussen, Anna Rautanen, Rathi Ravindrarajah, Eline J. Regeer, Abraham Reichenberg, Andreas Reif, Mark A. Reimers, Marta Ribasés, John P. Rice, Alexander Richards, Michelle Ricketts, Brien P. Riley, Fabio Rivas, Margarita Rivera, Joshua L. Roffman, Guy A. Rouleau, Panos Roussos, Dan Rujescu, Veikko Salomaa, Cristina Sánchez‐Mora, Alan R. Sanders, Stephen Sawcer, Ulrich Schall, Alan F. Schatzberg, William A. Scheftner, Peter R. Schofield, Nicholas J. Schork, Sibylle G. Schwab, Edward M. Scolnick, Laura J. Scott, Rodney J. Scott, Larry J. Seidman, Alessandro Serretti, Pak C. Sham, Cynthia Shannon Weickert, Tatyana Shehktman, Jianxin Shi, Paul D. Shilling, Engilbert Sigurðsson, Jeremy M. Silverman, Kang Sim, Claire Slaney, P. A. Slominsky, Olav B. Smeland, Jordan W. Smoller, Hon‐Cheong So, Janet L. Sobell, Erik Söderman, Christine Søholm Hansen, Chris C. A. Spencer, Anne T. Spijker, David St Clair, Hreinn Stefánsson, Stacy Steinberg, Elisabeth Stögmann, Eystein Stordal, Amy Strange, Richard E. Straub, John S. Strauss, Fabian Streit, Eric Strengman, Jana Strohmaier, T. Scott Stroup, Zhan Su, Mythily Subramaniam, Jaana Suvisaari, Dragan M. Švrakić, Jin Szatkiewicz, Szabolcs Szelinger, Avazeh Tashakkori-Ghanbaria, Srinivas Thirumalai, Robert C. Thompson, Thorgeir E. Thorgeirsson, Драга Тончева, Paul A. Tooney, Sarah Tosato, Timothea Toulopoulou, Richard C. Trembath, Jens Treutlein, Vassily Trubetskoy, Gustavo Turecki, Helmut Vedder, Eduard Vieta, John B. Vincent, Peter M. Visscher, Ananth C. Viswanathan, Damjan Vukcevic, John L. Waddington, Matthew Waller, Dermot Walsh, Muriel Walshe, James Walters, Dai Wang, Qiang Wang, Weiqing Wang, Yunpeng Wang, Stanley J. Watson, Bradley T. Webb, Thomas W. Weickert, Daniel R. Weinberger, Matthias Weisbrod, Mark Weiser, Thomas Werge, Paul A. Weston, Pamela Whittaker, Sara Widaa, Durk Wiersma, Dieter B. Wildenauer, Nigel Williams, Stephanie Williams, Stephanie H. Witt, Aaron R. Wolen, Emily Wong, Nicholas Wood, Brandon K. Wormley, Jing Wu, Simon Xi, Wei Xu, Allan H. Young, Clement C. Zai, Peter P. Zandi, Peng Zhang, Xuebin Zheng, Fritz Zimprich, Sebastian Zöllner, Aiden Corvin, Ayman H. Fanous, Sven Cichon, Marcella Rietschel, Elliot S. Gershon, Thomas G. Schulze, Alfredo B. Cuéllar‐Barboza, Andreas J. Forstner, Peter Holmans, John I. Nürnberger, Ole A. Andreassen, Sang Lee, Michael O‘Donovan, Patrick F. Sullivan, Roel A. Ophoff, Naomi R. Wray, Pamela Sklar, Kenneth S. Kendler

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensPublic Health OntarioPrincess Margaret Cancer CentreMcGill UniversityDalhousie UniversityMontreal Neurological Institute and HospitalUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental HealthMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBipolar disorderHeritabilityGenome-wide association studySchizophrenia (object-oriented programming)SNPGenetic associationGeneticsBiologyMedicineSingle-nucleotide polymorphismInternal medicinePsychiatryGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Schizophrenia (SCZ) and bipolar disorder (BD) are highly heritable disorders that share a significant proportion of common risk variation. Understanding the genetic factors underlying the specific symptoms of these disorders will be crucial for improving diagnosis, intervention and treatment. In case-control data consisting of 53,555 cases (20,129 BD, 33,426 SCZ) and 54,065 controls, we identified 114 genome-wide significant loci (GWS) when comparing all cases to controls, of which 41 represented novel findings. Two genome-wide significant loci were identified when comparing SCZ to BD and a third was found when directly incorporating functional information. Regional joint association identified a genomic region of overlapping association in BD and SCZ with disease-independent causal variants indicating a fourth region contributing to differences between these disorders. Regional SNP-heritability analyses demonstrated that the estimated heritability of BD based on the SCZ GWS regions was significantly higher than that based on the average genomic region (91 regions, p = 1.2×10 −6 ) while the inverse was not significant (19 regions, p=0.89). Using our BD and SCZ GWAS we calculated polygenic risk scores and identified several significant correlations with: 1) SCZ subphenotypes: negative symptoms (SCZ, p=3.6×10 −6 ) and manic symptoms (BD, p=2×10 −5 ), 2) BD subphenotypes: psychotic features (SCZ p=1.2×10 −10 , BD p=5.3×10 −5 ) and age of onset (SCZ p=7.9×10 −4 ). Finally, we show that psychotic features in BD has significant SNP-heritability (h 2 snp =0.15, SE=0.06), and a significant genetic correlation with SCZ (r g =0.34) in addition there is a significant sign test result between SCZ GWAS and a GWAS of BD cases contrasting those with and without psychotic features (p=0.0038, one-side binomial test). For the first time, we have identified specific loci pointing to a potential role of 4 genes ( DARS2 , ARFGEF2 , DCAKD and GATAD2A ) that distinguish between BD and SCZ, providing an opportunity to understand the biology contributing to clinical differences of these disorders. Our results provide the best evidence so far of genomic components distinguishing between BD and SCZ that contribute directly to specific symptom dimensions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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