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Enregistrement W2952419930 · doi:10.1002/chin.200405239

Spline‐Fitting with a Genetic Algorithm: A Method for Developing Classification Structure—Activity Relationships.

2004· article· en· W2952419930 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
aboutLe titre ou le résumé porte un signal canadien du lexique géographique.

Notice bibliographique

RevueChemInform · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNova scotiaCitationLibrary scienceInformation retrievalAlgorithmOperations researchComputer scienceMathematicsHistoryArchaeology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Classification methods allow for the development of structure−activity relationship models when the target\nproperty is categorical rather than continuous. We describe a classification method which fits descriptor\nsplines to activities, with descriptors selected using a genetic algorithm. This method, which we identify as\nSFGA, is compared to the well-established techniques of recursive partitioning (RP) and soft independent\nmodeling by class analogy (SIMCA) using five series of compounds: cyclooxygenase-2 (COX-2) inhibitors,\nbenzodiazepine receptor (BZR) ligands, estrogen receptor (ER) ligands, dihydrofolate reductase (DHFR)\ninhibitors, and monoamine oxidase (MAO) inhibitors. Only 1-D and 2-D descriptors were used. Approximately\n40% of compounds in each series were assigned to a test set, “cherry-picked” from the complete set such\nthat they lie outside the training set as much as possible. SFGA produced models that were more predictive\nfor all but the DHFR set, for which SIMCA was most predictive. RP gave the least predictive models for\nall but the MAO set. A similar trend was observed when using training and test sets to which compounds\nwere randomly assigned and when gradually eliminating compounds from the (designed) training set. The\nstability of models was examined for the random and reduced sets, where stability means that classification\nstatistics and the selected descriptors are similar for models derived from different sets. Here, SIMCA produced\nthe most stable models, followed by SFGA and RP. We show that a consensus approach that combines all\nthree methods outperforms the single best model for all data sets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,951
Score d'incertitude au seuil0,609

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,052
Tête enseignante GPT0,328
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle