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Enregistrement W2952700157 · doi:10.1534/genetics.119.302000

Computational Complexity as an Ultimate Constraint on Evolution

2019· article· en· W2952700157 sur OpenAlexfundno aff
Artem Kaznatcheev

Notice bibliographique

RevueGenetics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesSimons Institute for the Theory of Computing, University of California BerkeleyMcGill University
Mots-clésFitness landscapeEpistasisLocal optimumEvolutionary dynamicsConstraint (computer-aided design)Fitness approximationReciprocalNatural selectionSelection (genetic algorithm)Computer scienceBiologyMathematical optimizationArtificial intelligenceMathematicsFitness functionPopulationGenetic algorithmGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Experiments show that evolutionary fitness landscapes can have a rich combinatorial structure due to epistasis. For some landscapes, this structure can produce a computational constraint that prevents evolution from finding local fitness optima-thus overturning the traditional assumption that local fitness peaks can always be reached quickly if no other evolutionary forces challenge natural selection. Here, I introduce a distinction between easy landscapes of traditional theory where local fitness peaks can be found in a moderate number of steps, and hard landscapes where finding local optima requires an infeasible amount of time. Hard examples exist even among landscapes with no reciprocal sign epistasis; on these semismooth fitness landscapes, strong selection weak mutation dynamics cannot find the unique peak in polynomial time. More generally, on hard rugged fitness landscapes that include reciprocal sign epistasis, no evolutionary dynamics-even ones that do not follow adaptive paths-can find a local fitness optimum quickly. Moreover, on hard landscapes, the fitness advantage of nearby mutants cannot drop off exponentially fast but has to follow a power-law that long-term evolution experiments have associated with unbounded growth in fitness. Thus, the constraint of computational complexity enables open-ended evolution on finite landscapes. Knowing this constraint allows us to use the tools of theoretical computer science and combinatorial optimization to characterize the fitness landscapes that we expect to see in nature. I present candidates for hard landscapes at scales from single genes, to microbes, to complex organisms with costly learning (Baldwin effect) or maintained cooperation (Hankshaw effect). Just how ubiquitous hard landscapes (and the corresponding ultimate constraint on evolution) are in nature becomes an open empirical question.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,033
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,027

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,033
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,006
Communication savante0,0050,009
Science ouverte0,0020,004
Intégrité de la recherche0,0020,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations67
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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