A complete bacterial genome assembled <i>de novo</i> using only nanopore sequencing data
Notice bibliographique
Résumé
A method for de novo assembly of data from the Oxford Nanopore MinION instrument is presented which is able to reconstruct the sequence of an entire bacterial chromosome in a single contig. Initially, overlaps between nanopore reads are detected. Reads are then subjected to one or more rounds of error correction by a multiple alignment process employing partial order graphs. After correction, reads are assembled using the Celera assembler. Finally, the assembly is polished using signal-level data from the nanopore employing a novel hidden Markov model. We show that this method is able to assemble nanopore reads from Escherichia coli K-12 MG1655 into a single contig of length 4.6Mb permitting a full reconstruction of gene order. The resulting draft assembly has 98.4% nucleotide identity compared to the finished reference genome. After polishing the assembly with our signal-level HMM, the nucleotide identity is improved to 99.4%. We show that MinION sequencing data can be used to reconstruct genomes without the need for a reference sequence or data from other sequencing platforms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».