Gentamicin B1 is not a minor gentamicin component with major nonsense mutation suppression activity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Nonsense mutations are single base substitutions that introduce a premature termination codon (PTC) preventing the formation of full-length protein. They are the causative mutations in about 10% of patients in a large number of rare genetic diseases. High concentrations of the antibiotic gentamicin can induce the incorporation of an amino acid at a PTC and formation of full-length protein, a process called PTC readthrough. Gentamicin is composed of several related aminoglycosides. We recently reported ( doi/10.1073/pnas.1620982114 ) that the major gentamicin components that are responsible for its antibacterial activity showed weak to no PTC readthrough activity but that the minor component gentamicin B1 was a potent readthrough inducer. We have now determined that gentamicin B1 acquired from the sole supplier at the time the study was carried out was not gentamicin B1 but instead the closely related aminoglycoside G418. Gentamicin B1 recently became available from a second commercial source. Here, we provide nuclear magnetic resonance (NMR) assignment data for the two commercial compounds and verify only the second is indeed gentamicin B1. We show that gentamicin B1 lacks PTC readthrough activity in HDQ-P1 and DMS-114 cells homozygous for the TP53 R213X nonsense mutation, as well as in a cell-free translation assay.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».