Convergent gain and loss of genomic islands drive lifestyle changes in plant-associated <i>Pseudomonas</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Host-associated bacteria can have both beneficial and detrimental effects on host health. While some of the molecular mechanisms that determine these outcomes are known, little is known about the evolutionary histories of pathogenic or mutualistic lifestyles. Using the model plant Arabidopsis, we found that closely related strains within the Pseudomonas fluorescens species complex promote plant growth and occasionally cause disease. To elucidate the genetic basis of the transition between commensalism and pathogenesis, we developed a computational pipeline and identified genomic islands that correlate with outcomes for plant health. One island containing genes for lipopeptide biosynthesis and quorum-sensing is required for pathogenesis. Conservation of the quorum-sensing machinery in this island allows pathogenic strains to eavesdrop on quorum signals in the environment and coordinate pathogenic behavior. We found that genomic loci associated with both pathogenic and commensal lifestyles were convergently gained and lost in multiple lineages through homologous recombination, possibly constituting an early step in the differentiation of pathogenic and commensal lifestyles. Collectively this work provides novel insights into the evolution of commensal and pathogenic lifestyles within a single clade of host-associated bacteria.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle