Circadian Rhythms in Fungi: Structure/Function/Evolution of Some Clock Components
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Notice bibliographique
Résumé
, is composed of several proteins, notably FRQ, WC-1, and WC-2, which interact at the protein level and at the level of transcription. It is shown here that regions of the FRQ that are highly conserved in many fungal species show significant similarity to regions of proteins found in the amoebae Capsaspora and Acanthamoebae. These 2 amoebae were specifically explored because they have been suggested, based on extensive evidence, to be related to precursors of the modern fungi. Those proteins in Capsaspora/Acanthamoebae with some similarity to FRQ are LARP (an RNA-binding protein), ARNT (which has a PAS motif), and heat shock factor (HSF). These regions of LARP and HSF that show similarity to FRQ are highly conserved between plants, animals, and amoeba. This suggests that these regions were present at the time of the divergence of plants, fungi, insects, and animals, and therefore, they could be plausible precursors to regions of the fungal FRQ. These particular regions of FRQ that show similarity to LARP and HSF are also of functional significance since mutations in these regions of the Neurospora FRQ led to changes in the rhythm. The FRQ proteins from 13 different species of fungi were analyzed via motif analysis (MEME), and 11 different motifs were found. This provides some understanding as to the minimum requirements for an FRQ protein. Many of these FRQ motifs can be matched up with known domains in FRQ. In addition, these 13 different species of fungi were screened for the presence/absence of 7 additional genes/proteins that play some role in fungal clocks.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle