Microbiome of the Black-Lipped Pearl Oyster Pinctada margaritifera, a Multi-Tissue Description With Functional Profiling
Notice bibliographique
Résumé
Elucidating the role of prokaryotic symbionts in mediating host physiology has emerged as an important area of research. Since oysters are the world's most heavily cultivated bivalve molluscs, numerous studies have applied molecular techniques to understand the taxonomic and functional diversity of their associated bacteria. Here, we expand on this research by assessing the composition and putative functional profiles of prokaryotic communities from different organs / compartments of the black-lipped pearl oyster Pinctada margaritifera, a commercially important shellfish valued for cultured pearl production in the Pacific region. Seven tissues, in addition to mucous secretions, were targeted from P. margaritifera individuals: the gill, gonad, byssus gland, haemolymph, mantle, adductor muscle, mucus and gut. Richness of bacterial Operational Taxonomic Units (OTUs) and phylogenetic diversity differed between host tissues, with mucous layers displaying the highest richness and diversity. This multi-tissues approach permitted the identification of consistent microbial members, together constituting the core microbiome of P. margaritifera, including Alpha- and Gammaproteobacteria, Flavobacteriia and Spirochaetes. We also found a high representation of Endozoicimonaceae symbionts, indicating that they may be of particular importance to oyster health, survival and homeostasis, as in many other coral reef animals. Our study demonstrates that the microbial communities and their associated predicted functional profiles are tissue specific. Inferred physiological functions were supported by current physiological data available for the associated bacterial taxa specific to each tissue. This work provides the first baseline of microbial community composition in P. margaritifera, providing a solid foundation for future research into this commercially important species and emphasises the important effects of tissue differentiation in structuring the oyster microbiome.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».