The CHARMM36 Force Field for Lipids Can Be Used With More Accurate Water Models
Notice bibliographique
Résumé
The CHARMM36 force field for lipids is widely used in simulations of lipid bilayers. The CHARMM family of force fields were developed for use with the TIP3P water model. This water model has an anomalously high dielectric constant and low viscosity, which limits its accuracy in the calculation of quantities like permeability coefficients. The TIP3P-FB and TIP4P-FB water models are more accurate in terms of the dielectric constant and transport properties, which could allow more accurate simulations of systems containing water and lipids. To test whether the CHARMM36 lipid force field is compatible with the TIP3P-FB and TIP4P-FB water models, we have performed simulations of DPPC and POPC bilayers. The calculated headgroup area, compressibility, order parameters, and X-ray form factors are in good agreement with the experimental values, indicating that these improved water models can be used with the CHARMM36 lipid force field without modification. The water permeability predicted by these models is significantly different; the TIP3P-model diffusion in solution and at the lipid--water interface is anomalously fast due to the spuriously low viscosity of TIP3P-model water, but the PMF of permeation is higher for the TIP3P-FB and TIP4P-FB models due to their high excess chemical potentials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».