Large-scale mammalian genome rearrangements coincide with chromatin interactions
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: Genome rearrangements drastically change gene order along great stretches of a chromosome. There has been initial evidence that these apparently non-local events in the 1D sense may have breakpoints that are close in the 3D sense. We harness the power of the Double Cut and Join model of genome rearrangement, along with Hi-C chromosome conformation capture data to test this hypothesis between human and mouse. RESULTS: We devise novel statistical tests that show that indeed, rearrangement scenarios that transform the human into the mouse gene order are enriched for pairs of breakpoints that have frequent chromosome interactions. This is observed for both intra-chromosomal breakpoint pairs, as well as for inter-chromosomal pairs. For intra-chromosomal rearrangements, the enrichment exists from close (<20 Mb) to very distant (100 Mb) pairs. Further, the pattern exists across multiple cell lines in Hi-C data produced by different laboratories and at different stages of the cell cycle. We show that similarities in the contact frequencies between these many experiments contribute to the enrichment. We conclude that either (i) rearrangements usually involve breakpoints that are spatially close or (ii) there is selection against rearrangements that act on spatially distant breakpoints. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Our pipeline is freely available at https://bitbucket.org/thekswenson/locality. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle