Next‐Generation Sequencing to Identify Lacustrine Haptophytes in the Canadian Prairies: Significance for Temperature Proxy Applications
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Great Plains of North America often experience prolonged droughts that have major economic and environmental impacts. Temperature reconstructions are thus crucial to help decipher the mechanisms responsible for drought occurrences. Long‐chain alkenones (LCAs), lipids produced by three major phylogenetic groups (Groups I, II, and III) of haptophyte algae within the order Isochrysidales, are increasingly used for temperature reconstructions in lacustrine settings. However, to select the most appropriate calibration of the LCA‐based temperature proxy, it is first essential to identify the LCA‐producing haptophyte species present. Here we used next‐generation sequencing to target the 18S rRNA haptophyte gene from sediments with distinct LCA profiles to identify the LCA‐producer(s) from five Canadian prairie lakes. In total, 374 operational taxonomic units (OTUs) were identified across the studied samples, of which 234 fell within the Phylum Haptophyta. Among the most abundant OTUs, three were characterized as LCA‐producers, one falling within the Group I haptophytes and two within the Group II haptophytes. The OTU from Group I haptophytes was associated with a single, highly specific LCA profile, whereas Group II OTUs showed higher variability in LCA distributions. Our study revealed that most of the LCA‐producing OTUs thriving in the Canadian lakes are included within the genus Isochrysis, which helps guide selection of the most appropriate calibration for down‐core temperature reconstructions. Our findings also suggest that the temperature dependency is likely consistent within different taxa from Group I and Group II haptophytes, but that other environmental parameters may influence the accuracy of the calibration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».