MALDI-TOF MS-Based Analysis of Seed Proteins from Catalogue Varieties of Solanum lycopersicum/Lycopersicon esculentum
Notice bibliographique
Résumé
Matrix-assisted laser-desorption and ionization time-of-flight mass spectroscopy (MALDI-TOF MS) is a flexible technique for the analysis of protein-containing biological samples. Simple and inexpensive methods have previously been developed for MALDI-TOF MS sample preparation that are able to discriminate between Impatiens species that are closely related and also between regional biotypes of the invasive weed Impatiens glandulifera (Himalayan balsam) with leaf material and also seed material. The current article investigates whether MALDI-TOF MS, through acid-soluble protein ‘fingerprinting’, can be used to analyze plant seeds that result from intensive commercial plant-breeding activity. As an initial proof-of-concept study, tomato seeds from eleven seed-catalogue varieties (F1 Pink Baby Plum, F1 Fantasio, F1 Lizzano, F1 Sungold, F1 Tumbler, Faworyt, Golden Sunrise, Hundreds and Thousands, Indigo Rose, Moneymaker, and Red Alert), listed as Solanum lycopersicum or under the synonym Lycopersicon esculentum were analyzed using MALDI-TOF MS. Whilst peak-rich and highly-reproducible spectra were obtained, with very high Bruker comparison scores and low MALDI-TOF MS variance, sample-preparation variance, and seed-to-seed variance, the spectral differences between varieties were only slightly greater than the above combined variances, indicating very close similarity between all eleven varieties studied. These results are discussed in comparison with those previously observed with the naturally-evolving invasive species I. glandulifera.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».