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Enregistrement W2954359362 · doi:10.17912/micropub.biology.000146

Tools for Mos1-mediated single copy insertion (mosSCI) with excisable unc-119(+) or NeoR (G418) selection cassettes

2019· article· en· W2954359362 sur OpenAlexaff
Reta Aram, Kailynn MacGillivray, Chengyin Li, Arneet L. Saltzman

Notice bibliographique

RevuePubMed · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institutes of Health
Mots-clésSelection (genetic algorithm)Computer scienceGeneticsComputational biologyBiologyArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Insertion of single-copy transgenes is an important tool in C. elegans genome engineering. Following the discovery that the Drosophila mariner element Mos1 could mobilize in the C. elegans germline (Bessereau et al. 2001), tools for efficient Mos1-mediated transgene insertion have been developed and widely adopted (Robert and Bessereau 2010). In parallel, the establishment of effective antibiotic selection in C. elegans offered increased versatility for genetic crosses and the advantage of injecting into phenotypically wild-type animals (Giordano-Santini et al. 2010, Semple et al. 2010). Reliable, site-specific, single-copy transgene insertion remains a key technique for applications such as synthetic reporters and rapid testing of genetic rescue constructs, especially when germline expression is required. The highly developed Mos1-mediated single-copy insertion (mosSCI) system is a toolkit of choice for this approach (Frokjaer-Jensen et al. 2008, Frokjaer-Jensen et al. 2012). The ttTi5605(mos1)II insertion site in particular has been used for stable germline expression, and plasmids targeting ttTi5605 are also compatible with the ‘universal’ mosSCI insertion sites (Frokjaer-Jensen et al. 2014). To add to the suite of tools for targeting ttTi5605, we constructed two modified mosSCI plasmids (Figure 1). First, we made a plasmid for ttTi5605-mosSCI using G418 selection. Antibiotic selection has been incorporated into the miniMos system for random transgene insertion (Frokjaer-Jensen et al. 2014), however existing ttTi5605-mosSCI plasmids use unc-119(+) selection. Our plasmid allows use of the ttTi5605 site without the need for injection into unc-119(ed3) mutants, which are more challenging to grow than wild-type animals and do not have optimal germline health on standard E. coli OP50 as a food source. Second, we modified the standard unc-119 selection-based ttTi5605-mosSCI plasmid (pCFJ151) by adding loxP recombination sites flanking the unc-119(+) selection cassette (Figure 1B). This change allows excision of the unc-119(+) selection cassette using an existing Cre recombinase protocol (Dickinson et al. 2013). Since unc-119(+) is a frequently used selection marker, this new feature will add flexibility for construction of strains with multiple transgenes. For increased versatility, both of the plasmids described here are minimal and do not encode additional tags or fluorescent proteins. Multiple-fragment transgenes can be seamlessly fused and cloned into these plasmids using the Gibson isothermal assembly technique by designing PCR amplicons, synthetic dsDNAs, restriction fragments or oligos with overlapping homologous ends (Gibson et al. 2009). We performed three independent test injections using different transgenes and found both of our plasmids to be effective for mosSCI (Figure 1). We also successfully excised the unc-119(+) cassette (Figure 1B) using Cre recombinase for two independent insertions (Methods). However, a caveat of the current NeoR plasmid (Figure 1A) is that no additional phenotypic marker was included between the loxP sites. Therefore, unlike unc-119(+) excision, which can be easily screened for using a visible phenotype, excision of NeoR would require screening by PCR or by loss of drug resistance. Overall, we hope that these excisable unc-119(+) and NeoR mosSCI plasmids will be useful companions to the extensive mosSCI plasmid and strain toolkit (Frokjaer-Jensen et al. 2008, Zeiser et al. 2011, Frokjaer-Jensen et al. 2012, Frokjaer-Jensen et al. 2014).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,030

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,016

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2019
Routes d'admission1
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