Phylogenetic analysis of HA and NA genes of influenza H1N1 viruses from 1918 to 2017
Notice bibliographique
Résumé
The 1918 "Spanish" pandemic is the earliest known influenza H1N1 virus. Since then H1N1 viruses circulated between humans and animals continuously. With the increased amount of samples of H1N1 viruses and technology development, researchers have been studying how the viruses evolved. Here, we analyzed HA and NA genes of H1N1 viruses from three aspects: host distribution, geographical distribution and phylogenetic analysis. The data showed hosts were predominantly human, swine and poultry, and other hosts were mainly cat, ferret, wild bear, canine, cheetah and seal. In terms of geographical distribution, the North America and Eurasia were the main H1N1 influenza pandemic areas. Of them, the United States, China, Japan, Canada, the United Kingdom, India and Singapore were the most affected. The phylogenetic analysis of surface genes of influenza H1N1 viruses from 1918 to 2017 worldwide revealed the distribution of all avian influenza viruses (AIVs) showed a clear geographical difference, mainly concentrated in Eurasia and America. American and Eurasian swine viruses might be the ancestors of the 2009 pandemic virus' HA and NA genes. Swine influenza viruses played an important role in the spread of influenza viruses across species. To our knowledge, this is the first large-scale phylogenetic analysis of HA and NA genes of influenza H1N1 viruses worldwide until now. Our findings further emphasize the importance of surveillance of the genetic diversity of influenza H1N1 viruses in different hosts and raised more concerns about the long-time monitoring. Keywords: influenza H1N1 viruses; HA genes; NA genes; phylogenetic analysis; evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».