Sex-biased gene expression and evolution of candidate reproductive transcripts in adult stages of salmon lice (<i>Lepeophtheirus salmonis</i>)
Notice bibliographique
Résumé
The salmon louse Lepeophtheirus salmonis (Krøyer 1837) displays numerous sexually dimorphic characteristics. Insights into their underlying molecular components have only recently been explored, which serve to better understand both the basic biology of the louse, associated impacts on drug sensitivity, and evolution of resistance. Expression of 16 L. salmonis genes putatively involved in sexual dimorphism and reproduction were used to determine differences between sexes and better understand responses to mating using RT-qPCR of pre-adult and adult lice. Analysis of these genes revealed the dynamic nature of sex-biased expression across stages. However, female reception of a spermatophore did not appear to impact the expression of these particular genes. Furthermore six of these transcripts and 84 others identified previously in a large-scale louse transcriptomics experiment were used to estimate differences in evolutionary rates and codon-usage bias of sex-related genes using phylogenetic analysis by maximum likelihood (PAML) and codonW. Results suggest male-biased genes are evolving at significantly greater rates than female-biased and unbiased genes as evidenced by higher rates of non-synonymous substitutions and lower codon-usage bias in these genes. These analyses expand our understanding of interactions of sex-biased expression across the pre-adult and adult life stages and provide foundations for better understanding evolutionary differences in sex-biased genes of L. salmonis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».