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Enregistrement W2955284826 · doi:10.3390/genes10070486

The Genome of the Steller Sea Lion (Eumetopias jubatus)

2019· article· en· W2955284826 sur OpenAlexafffund
Harwood Kwan, Luka Culibrk, Gregory A. Taylor, Sreeja Leelakumari, Ryan Tan, Shaun D. Jackman, Kane Tse, Tina MacLeod, Dean Cheng, Eric Chuah, Heather Kirk, Pawan Pandoh, Rebecca Carlsen, Yongjun Zhao, Andrew J. Mungall, Richard A. Moore, İnanç Birol, Marco A. Marra, David A. S. Rosen, Martin Haulena, Steven J.M. Jones

Notice bibliographique

RevueGenes · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreVancouver AquariumUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreBC Cancer FoundationGenome Canada
Mots-clésContigSequence assemblyGenomeBiologyGeneNanopore sequencingAccession number (library science)Whole genome sequencingDNA sequencingComputational biologyGeneticsTranscriptomeGenBank

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Steller sea lion is the largest member of the Otariidae family and is found in the coastal waters of the northern Pacific Rim. Here, we present the Steller sea lion genome, determined through DNA sequencing approaches that utilized microfluidic partitioning library construction, as well as nanopore technologies. These methods constructed a highly contiguous assembly with a scaffold N50 length of over 14 megabases, a contig N50 length of over 242 kilobases and a total length of 2.404 gigabases. As a measure of completeness, 95.1% of 4104 highly conserved mammalian genes were found to be complete within the assembly. Further annotation identified 19,668 protein coding genes. The assembled genome sequence and underlying sequence data can be found at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) under the BioProject accession number PRJNA475770.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,666
Score d'incertitude au seuil0,186

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,200
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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