Genotyping by Sequencing and Plastome Analysis Finds High Genetic Variability and Geographical Structure in Dactylis glomerata L. in Northwest Europe Despite Lack of Ploidy Variation
Notice bibliographique
Résumé
Large collections of the forage and bioenergy grass Dactylis glomerata were made in northwest (NW) Europe along east to west and north to south clines for genetic resource conservation and to inform breeding programmes of genetic diversity, genepools, and ploidy. Leaves were sampled for genetic analysis and seed and rhizome for ex-situ conservation. Genotyping by sequencing (GBS) was used to assay nuclear DNA diversity and plastome single nucleotide polymorphism (SNP) discovery was undertaken using a long-read PCR and MiSeq approach. Nuclear and plastid SNPs were analysed by principal component analysis (PCA) to compare genotypes. Flow cytometry revealed that all samples were tetraploid, but some genome size variation was recorded. GBS detected an average of approximately 10,000 to 15,000 SNPs per country sampled. The highest average number of private SNPs was recorded in Poland (median ca. 2000). Plastid DNA variation was also high (1466 SNPs, 17 SNPs/kbp). GBS data, and to a lesser extent plastome data, also show that genetic variation is structured geographically in NW Europe with loose clustering matching the country of plant origin. The results reveal extensive genetic diversity and genetic structuring in this versatile allogamous species despite lack of ploidy variation and high levels of human mediated geneflow via planting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».