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Enregistrement W2955390203 · doi:10.1093/ibd/izz116

Analysis of Genetic Association of Intestinal Permeability in Healthy First-degree Relatives of Patients with Crohn’s Disease

2019· article· en· W2955390203 sur OpenAlexafffund
Williams Turpin, Osvaldo Espin‐Garcia, Larbi Bedrani, Karen Madsen, Jonathan B. Meddings, Juan A. Raygoza Garay, Mark S. Silverberg, Michelle I. Smith, Anne M. Griffiths, Paul Moayyedi, John K. Marshall, David R. Mack, Ernest G. Seidman, Mark J. Ropeleski, Brian G. Feagan, Kevan Jacobson, Dan Turner, Thomas D. Walters, Andrew D. Paterson, Maria Abreu, Paul L. Beck, Çharles N. Bernstein, Kenneth Croitoru, Leo Dieleman, David Guttman, Gilaad G. Kaplan, Denis O. Krause, Scott B. Snapper, Andy Stadnyk, Hilary Steinhart, Michael G. Surette, Tom Walters, Bruce A. Vallance, Guy Aumais, Alain Bitton, Maria Cino, Jeff Critch, Lee A. Denson, Colette Deslandres, Wael El‐Matary, Hans Herfarth, Peter Higgins, Hien Q. Huynh, Jeff Hyams, Jerry McGrath, Dennis G. Cvitkovitch, Anthony Otley, Remo Panancionne, Desmond Leddin, Donald S. Daly, Fred Saibil, Hein Huynh, Herbert Brill, Hillary Steinhart, Iwona Wrobel, Jennifer Jones, Martha Dirks, Neal S. LeLeiko, Pierre Paré, Wei Xu

Notice bibliographique

RevueInflammatory Bowel Diseases · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of British ColumbiaQueen's UniversityMcGill University Health CentreUniversity of OttawaMcMaster UniversityPopulation Health Research InstituteChildren's Hospital of Eastern OntarioMount Sinai HospitalUniversity of CalgaryUniversity of AlbertaHospital for Sick ChildrenPublic Health OntarioWestern UniversityUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCrohn's and Colitis Canada
Mots-clésCrohn's diseaseIntestinal permeabilityFirst-degree relativesDiseaseMedicineAssociation (psychology)Degree (music)GastroenterologyInternal medicinePsychologyFamily history

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Excessive intestinal permeability or intestinal barrier dysfunction as measured by various assays has been observed in various diseases. However, little is known about the factors contributing to altered gut permeability in these diseases. Our objective was to determine the genetic determinants of altered gut permeability as measured by the lactulose mannitol fractional excretion ratio (LacMan ratio) in 1075 healthy first-degree relatives of patients with Crohn's disease (CD). In a targeted analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in genes associated with intestinal barrier function related or not to inflammatory bowel disease, we did not find a significant association with intestinal permeability. In an untargeted genome-wide association analysis, the top 100 associations were located in 22 genomic loci, although they were not statistically significant after correction for multiple testing (raw P values [1.8 × 10-7 - 1.4 × 10-5]. The lowest P value was obtained for rs9616637 (22q13.33, C22orf34), for which the minor allele A was associated with a decreased LacMan ratio. These results suggest that host genetic background has limited contribution toward intestinal permeability. Despite this, our study is currently the largest of its kind assessing gut permeability in vivo. It remains possible that smaller genetic effect sizes on LacMan ratio are not detectable in this sized cohort. Larger studies are warranted to identify the potential genetic contribution to intestinal permeability.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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