The effects of losing sex on the molecular evolution of plant defense
Notice bibliographique
Résumé
Abstract It is hypothesized that the loss of sexual reproduction and reduced recombination rates decrease the ability for hosts to evolve in response to selection by parasites. Using transcriptomes from 32 species, we test whether repeated losses of sex in the plant genus Oenothera has resulted in changes to the evolution of defense genes against herbivores and pathogens. To achieve this, the function of 2,431 Oenothera orthologous genes was determined based on GO annotations from Arabidopsis thaliana . Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML) was then used to examine how the patterns of molecular evolution in 721 defense and 1,710 non-defense genes differ between sexual (16 spp.) and asexual (16 spp.) taxa. We test whether the relative rates of nonsynonymous to synonymous substitutions (ω = dN/dS) in proteins with defensive function were higher in lineages with sexual reproduction (ω sexual > ω a-sexual ), and we asked if such patterns were exclusive for defense genes or not. We detected variability in the rate of amino acid replacements of proteins in >50% of genes and positive selection on 3% of the genes examined. Nevertheless, our results clearly show that on average, signatures of positive and purifying selection on defense and non-defense genes are similar and only a small number of specific genes related to plant immune function may be affected by a loss of sex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».