Barcoding of estuarine macrophytes and phylogenetic diversity of estuaries along the South African coastline
Notice bibliographique
Résumé
Plant DNA barcoding serves as an effective approach to building community phylogenies and increasing our understanding of the factors that determine plant community assemblages. The aims of the study were to (i) barcode macrophytes with high estuarine fidelity and (ii) to determine the phylogenetic diversity (PD) of selected South African estuaries for conservation prioritisation. Three DNA barcoding gene regions (rbcLa, matK, and trnH-psbA) were assessed, and community phylogenies were constructed for 270 estuaries. Generally, the matK barcode had the greatest discrimination success rate of 67.4% (parsimony informative sites = 418). Closely related species formed clades that also represent estuarine habitat types. Estuaries with high phylogenetic diversity along the southeast coast were associated with a combination of mangrove and salt marsh habitats. Species richness was strongly and significantly correlated with PD (r = 0.93; p < 0.000). Based on mean pairwise distance (MPD), more temperate estuaries (56) showed significant phylogenetic clustering compared to subtropical estuaries (24) (p < 0.05). Similarly, based on mean nearest taxon distance (MNTD), significant phylogenetic clustering was highest in temperate estuaries (50) compared to subtropical estuaries (12) (p < 0.05). This suggests that the coexistence of plant species in estuaries is structured by both biotic and abiotic interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».