Characterization of snoRNA 3’‐end formation in <i>Saccharomyces cerevisiae</i> reveals a broad role for the Paf1 complex and locus‐specific roles for histone post‐translational modifications
Notice bibliographique
Résumé
One eukaryotic protein complex involved in regulating RNA polymerase II transcription is the Paf1 complex (Paf1C), which has well‐characterized roles in promoting histone modifications and transcription elongation. Beyond these roles, the human and yeast Paf1 complexes also interact with RNA 3’‐end processing components to affect RNA formation. Specifically, the S. cerevisiae Paf1C is known to promote the proper 3’‐end formation of at least two small nucleolar RNAs (snoRNAs). To determine how Paf1C‐dependent functions regulate formation of these non‐coding RNAs, we used high‐density tiling arrays to analyze transcripts in cells lacking PAF1 and uncover new snoRNA targets of Paf1. Increased levels of RNA polymerase II seen downstream of snoRNA genes in the absence of PAF1 suggest that these snoRNA 3’‐end defects reflect impaired transcription termination. Examination of Paf1‐regulated snoRNA genes revealed locus‐specific requirements for post‐translational histone modifications and for other transcriptional regulators. Cumulatively, our work reveals a broad requirement for Paf1C in snoRNA 3’‐end formation and suggests that Paf1C contributes to the fine‐tuning of transcriptional regulation at individual loci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».