Abstract 2554: Branched chain amino acid transaminase 1 in claudin-low breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Breast cancer, the most commonly diagnosed cancer in women, can be classified into five distinct subtypes. One subtype, claudin-low breast cancer, accounts for approximately 7% of the breast cancer cases and these tumors are aggressive and highly metastatic. RNA sequencing of human claudin-low breast cancers by other groups and RNA sequencing of a murine claudin-low mammary tumor cell line by our group has revealed that Bcat1 is significantly up-regulated in this breast cancer subtype. Bcat1 regulates the metabolism of branched chain amino acids and has been linked to numerous pathologies including heart disease, diabetes, and cancer. Based on this data we hypothesized that the expression of Bcat1 in claudin-low mammary tumors is driving the aggressive and metastatic nature of this cancer subtype and disrupting Bcat1 will deter these features. Elevated expression of Bcat1 in the murine claudin-low cell line RJ423, compared to the murine luminal mammary tumor cell line RJ345, has been confirmed at the mRNA and protein level. Bcat1 has been transiently down-regulated ~70% in RJ423 cells using siRNA and this suppression of Bcat1, contrary to the anticipated result, showed no effect on proliferation based on phospho-histone H3 immunofluorescence. However, when the cell population doubling time was investigated, a significant difference was seen between the RJ423 cell line and the cell lines with suppressed Bcat1 expression. To elucidate these contradicting results, cell cycle analysis using Bromodeoxyuridine and 7-AAD through flow cytometry is currently underway. RJ423 stably expressing Bcat1 shRNA and RJ345 stably expressing a Bcat1 expression vector are currently being selected. Further in vitro and in vivo studies will utilize these stably transfected cell lines. This study will determine whether further investigation into the effects of Bcat1 on claudin-low human breast cancer is prudent and if Bcat1 may be used as a therapeutic target.Citation Format: Lisa C. Reynen, Robert Jones, Roger Moorehead. Branched chain amino acid transaminase 1 in claudin-low breast cancer [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2019; 2019 Mar 29-Apr 3; Atlanta, GA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2019;79(13 Suppl):Abstract nr 2554.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».