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Enregistrement W2957872688 · doi:10.1101/706994

Simulated Plant Images Improve Maize Leaf Counting Accuracy

2019· preprint· en· W2957872688 sur OpenAlexaff
Chenyong Miao, Thomas P. Hoban, Alejandro Pages, Zheng Xu, Eric Rodene, Jordan Ubbens, Ian Stavness, Jinliang Yang, James C. Schnable

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSmart Agriculture and AI
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesAlfred P. Sloan FoundationNational Science Foundation
Mots-clésConvolutional neural networkArtificial intelligenceComputer scienceMachine learningSynthetic dataTraining setPattern recognition (psychology)Deep learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Automatically scoring plant traits using a combination of imaging and deep learning holds promise to accelerate data collection, scientific inquiry, and breeding progress. However, applications of this approach are currently held back by the availability of large and suitably annotated training datasets. Early training datasets targeted arabidopsis or tobacco. The morphology of these plants quite different from that of grass species like maize. Two sets of maize training data, one real-world and one synthetic were generated and annotated for late vegetative stage maize plants using leaf count as a model trait. Convolutional neural networks (CNNs) trained on entirely synthetic data provided predictive power for scoring leaf number in real-world images. This power was less than CNNs trained with equal numbers of real-world images, however, in some cases CNNs trained with larger numbers of synthetic images outperformed CNNs trained with smaller numbers of real-world images. When real-world training images were scarce, augmenting real-world training data with synthetic data provided improved prediction accuracy. Quantifying leaf number over time can provide insight into plant growth rates and stress responses, and can help to parameterize crop growth models. The approaches and annotated training data described here may help future efforts to develop accurate leaf counting algorithms for maize.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,199
Écart entre enseignants0,186 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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