An Expanded Ribosomal Phylogeny of Cyanobacteria Supports a Deep Placement of Plastids
Notice bibliographique
Résumé
Plastids originated as a cyanobacterium that was engulfed by the ancestral lineage of the major photosynthetic eukaryotic group (Archaeplastida). Although the ancestral cyanobacterial lineage of these organelles is not known, Archaeplastida still retain remnants of the ancestral cyanobacterial genome, inherited through the plastid. As a result, it should be possible to constrain the origin of plastids within Cyanobacteria through phylogenetic analyses. To date, such phylogenetic studies have produced conflicting results and two competing hypotheses: 1) plastids diverged relatively recently in cyanobacterial evolution and are most closely related to nitrogen-fixing cyanobacteria, or 2) plastids diverged early in the evolutionary history of cyanobacteria, before the divergence of most crown group lineages. Here, we differentiate between these competing hypotheses using a phylogenetic analysis of ribosomal proteins from an expanded data set of cyanobacterial genomes and representative plastid sequences. Our results robustly support a deep rooting of the plastid ancestor lineage as sister to Gloeomargarita, with a divergence from other cyanobacterial groups before that of Pseudanabaena. The results of our study are especially important for future molecular clock studies, which are highly dependent upon tree topologies and distances for modeling accurate branch rates. The deeper rooting of plastids in our phylogenies and increased cyanobacterial sequence coverage provide an improved tree topology and enable the use of well-informed fossil calibrations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».