Comparative proteomics in the wild: Accounting for intrapopulation variability improves describing proteome response in a Gammarus pulex field population exposed to cadmium
Notice bibliographique
Résumé
High-throughput proteomics can be performed on animal sentinels for discovering key molecular biomarkers signing the physiological response and adaptation of organisms. Ecotoxicoproteomics is today amenable by means of proteogenomics to small arthropods such as Gammarids which are well known sentinels of aquatic environments. Here, we analysed two regional Gammarus pulex populations to characterize the potential proteome divergence induced in one site by natural bioavailable mono-metallic contamination (cadmium) compared to a non-contaminated site. Two RNAseq-derived protein sequence databases were established previously on male and female individuals sampled from the reference site. Here, individual proteomes were acquired on 10 male and 10 female paired organisms sampled from each site. Proteins involved in protein lipidation, carbohydrate metabolism, proteolysis, innate immunity, oxidative stress response and lipid transport were found more abundant in animals exposed to cadmium, while hemocyanins were found in lower abundance. The intrapopulation proteome variability of long-term exposed G. pulex was inflated relatively to the non-contaminated population. These results show that, while remaining a challenge for such organisms with not yet sequenced genomes, taking into account intrapopulation variability is important to better define the molecular players induced by toxic stress in a comparative field proteomics approach.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».