Epigenetics Theoretical Limits of Synthetic Genomes: The Cases of Artificials <em>Caulobacter </em>(<em>C. eth-2.0), Mycoplasma Mycoides (JCVI-Syn 1.0, JCVI-Syn 3.0 and JCVI_3A), E-coli and YEAST chr XII</em>
Notice bibliographique
Résumé
In (Venetz et al., 2019), authors rebuilt the essential genome of Caulobacter crescentus through the process of chemical synthesis rewriting and studied the genetic information content at the level of its essential genes. Then, they reduced the native Caulobacter crescentus native Caulobacter NA1000 genome sequence real genome ( 4042929 bp ) to the 785,701-bp reduced synthetic genome. Here we demonstrate the existence of a palindromic-like mirror structure that exists in real genomes and disappears totally in the synthetic genome. This biomathematic meta-organization is based on characteristic proportions of Fibonacci numbers between DNA single strand nucleotides proportions TC / AG on the one hand and TG / AC on the other hand. In both cases, we suggest that this meta-structure enhances the three-dimensional cohesion of the two DNA strands of the genome. We then generalize this study to the different synthetic genomes and synthetic cells published by the Craig Venter Institute on Mycoplasma Mycoides JCVI-syn1.0 (in 2010), JCVI-syn3.0 (in 2016) and JCVI-syn3A (in 2019). Finally, in the discussion section, we extend this study to synthetic genomes of E-Coli and Yeast chromosome XII.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».