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Enregistrement W2961325848 · doi:10.1038/s41564-019-0494-6

Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage

2019· article· en· W2961325848 sur OpenAlexafffund
Robert A. Edwards, Alejandro A. Vega, Holly M. Norman, Maria Cynthia Ohaeri, Kyle Levi, Elizabeth A. Dinsdale, Ondřej Cinek, Ramy K. Aziz, Katelyn McNair, Jeremy J. Barr, Kyle Bibby, Stan J. J. Brouns, Adrián Cazares, Patrick A. de Jonge, Christelle Desnues, Samuel L. Díaz‐Muñoz, Peter C. Fineran, Alexander Kurilshikov, Rob Lavigne, Karla Mazankova, David McCarthy, Franklin L. Nóbrega, Alejandro Reyes, German Tapia, Nicole Trefault, Alexander Tyakht, Pablo Vinuesa, Jeroen Wagemans, Alexandra Zhernakova, Frank M. Aarestrup, Gunduz Ahmadov, Abeer Alassaf, Abigail E. Asangba, E Billings, Jane M. Carlton, Daniel Cazares, Gyu-Sung Cho, Tess Condeff, Pilar Cortés, Mike Cranfield, Daniel Cuevas, Rodrigo De la Iglesia, Przemysław Decewicz, Michael P. Doane, Nathaniel J. Dominy, Łukasz Dziewit, Bashir Mukhtar Elwasila, A. Murat Eren, Charles M. A. P. Franz, Jingyuan Fu, Cristina García‐Aljaro, Elodie Ghedin, Kristen Gulino, John M. Haggerty, Steven R. Head, René S. Hendriksen, Colin Hill, Heikki Hyöty, Elena N. Ilina, Mitchell T. Irwin, Thomas C. Jeffries, Juan Jofre, Randall E. Junge, Scott T. Kelley, Mohammadali Khan Mirzaei, Martín M. Kowalewski, Deepak Kumaresan, Steven R. Leigh, David A. Lipson, Eugenia Lisitsyna, Julia M. Maritz, Linsey C. Marr, Angela McCann, Shahar Molshanski-Mor, Sílvia Monteiro, Benjamin Moreira‐Grez, Megan M. Morris, Lawrence Mugisha, Maite Muniesa, Horst Neve, Nam Nguyen, Olivia D. Nigro, Anders Nilsson, Taylor O’Connell, Rasha Odeh, Andrew Oliver, Mariana Piuri, Aaron J. Prussin, Udi Qimron, Zhe‐Xue Quan, Petra Rainetová, Adán Andrés Ramírez Rojas, Raúl R. Raya, Kim Reasor, Gillian A. O. Rice, Alessandro Rossi, Ricardo Santos, John Shimashita, Elyse Stachler, Lars C. Stene, Ronan Strain, Rebecca M. Stumpf, Pedro J. Torres, Alan Twaddle, MaryAnn Ugochi Ibekwe, Nicolás A. Villagra, Stephen Wandro, Bryan A. White, Katrine Whiteson, Cisca Wijmenga, María Mercedes Zambrano, Henrike Zschach, Bas E. Dutilh

Notice bibliographique

RevueNature Microbiology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesEnvironment Protection Authority VictoriaUniversity of Illinois at Urbana-ChampaignUganda National Council for Science and TechnologyMelbourne WaterAgence Nationale de la RechercheNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNovo Nordisk FondenMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyNational Institutes of HealthRijksuniversiteit GroningenU.S. Department of EnergyUniversity of Hawai'iNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaRoyal Society Te ApārangiSan Diego State UniversityLawrence Livermore National LaboratoryNovo NordiskNational Geographic SocietyNational Science Foundation
Mots-clésPhylogeographyBiologyEvolutionary biologyPhylogeneticsHuman evolutionVirologyZoologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,002
Tête enseignante GPT0,211
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations267
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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