DINA: Open Source and Open Services - A modern approach for natural history collection management systems and research
Notice bibliographique
Résumé
The DINA Consortium (“DIgital information system for NAtural history data”, https://dina-project.net ) was formed in order to provide a framework for like-minded large natural history collection-holding institutions to collaborate through a distributed Open Source development model to produce a flexible and sustainable collection management system. Target collections include zoological, botanical, mycological, geological and paleontological collections, living collections, biodiversity inventories, observation records, and molecular data. DINA is funded by the participating member institutions. DINA Core Members are organizations or individuals who commit at least one half-time equivalent of resources to the development of the consortium goals, at least half of which should be available for code development. The DINA system is architected as a loosely-coupled set of several web-based modules. The conceptual basis for this modular ecosystem is a compilation of comprehensive guidelines for Web application programming interfaces (APIs) to guarantee the interoperability of its components. Thus, all DINA components can be modified or even replaced by other components without crashing the rest of the system as long as they are DINA compliant. Furthermore, the modularity enables the institutions to host only the components they need. DINA focuses on an Open Source software philosophy and on community-driven open development, so the contributors share their development resources and expertise outside of their own institutions. One of the overarching reasons to develop a new collection management system is the need to better model complex relationships between collection objects (typically specimens), research data and associated workflows. We will present the enhancements provided by the approach of the DINA system focussing on the flexibility to plug in compliant components and accommodate additional (meta-)data and specimen related research data with the help of a generic data module. Furthermore, we will discuss challenges in the governance of the development activities such as organizing the distributed code development of the core modules, the code review process and the choice of the software stack. These organizational challenges will be overcome with the help of a revised Memorandum of Understanding.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,026 | 0,042 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,011 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,005 |
| Communication savante | 0,017 | 0,025 |
| Science ouverte | 0,009 | 0,024 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,018 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».