Proposal to establish a common taxon for 16SrV-C and 16SrV-D phytoplasmas and three genetic clades based on combined 16S rDNA signatures and variability of housekeeping genes
Notice bibliographique
Résumé
Members of subgroups 16SrV-C and-D form a homogenous genetic cluster with a complex ecology that involves perennial plants such as alders, grapevine and Clematis and leafhopper vectors. However, despite the monophyletic origin of the members of these subgroups, a common specific sequence could not be found in their 16S rRNA gene, preventing from describing a common taxon according to the rules for the description of ‘Candidatus Phytoplasma’ species. The genetic diversity of 16S rRNA and five housekeeping genes among European and American strains of 16SrV phytoplasmas, including 16SrV-C strains detected in Canadian alders were examined. Members of subgroups 16SrV-C and 16SrV-D share a common combination of three sequence signatures in the 16S rRNA gene that can serve as descriptors for a new common taxon. According to the sequences of tuf, rplV-rpsC, rplF-rplR, map and uvrB-degV genes, they can be divided into three genetic clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».