Simultaneous Ligand and Receptor Tracking through NMR Spectroscopy Enabled by Distinct 19F Labels
Notice bibliographique
Résumé
To probe ligand-receptor binding at the atomic-level, a frequent approach involves multidimensional nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy experiments relying on 13C- and/or 15N-enrichment alongside 1H. Alternatively, the lack of fluorine in biomolecules may be exploited through specific incorporation of 19F nuclei into a sample. The 19F nucleus is highly sensitive to environmental changes and allows for one-dimensional NMR spectroscopic study, with perturbation to chemical shift and spin dynamics diagnostic of structural change, ligand binding, and modified conformational sampling. This was applied to the apelinergic system, which comprises a rhodopsin-like G protein-coupled receptor (the apelin receptor (AR)/APJ) and two families of cognate ligands, the apelin and apela (ELABELA/toddler) peptides. Specifically, AR fragments consisting of either the N-terminal tail and first transmembrane (TM) α-helix (AR55) or the first three transmembrane α-helices (TM1-3) were prepared with biosynthetic fluorotryptophan incorporation. Interactions of each AR fragment with a high-affinity, 2,4,5-trifluorophenylalanine labeled apelin analogue were compared by 19F NMR. Distinct ranges of 19F chemical shifts for ligand and receptor provide unambiguous tracking of both species, with distinct binding behaviour observed for each AR fragment implying that AR55 is not sufficient to recapitulate the physiological binding event. Site-specific perturbation was also apparent for the apelin analogue as a function of substitution site, indicating an orientational binding preference. As a whole, this strategy of distinctive 19F labelling for ligand and receptor provides a relatively fast (i.e., employing 1D NMR experiments) and highly sensitive method to simultaneously and definitively track binding in both species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».