Genome-wide analysis of androgen receptor binding and transcriptomic analysis in mesenchymal subsets during prostate development
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Prostate development is controlled by androgens, the androgen receptor (AR) and mesenchymal–epithelial signalling. We used chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) to define AR genomic binding in the male and female mesenchyme. Tissue- and single-cell-based transcriptional profiling was used to define mesenchymal AR target genes. We observed significant AR genomic binding in females and a strong enrichment at proximal promoters in both sexes. In males, there was greater AR binding to introns and intergenic regions as well as to classical AR binding motifs. In females, there was increased proximal promoter binding and involvement of cofactors. Comparison of AR-bound genes with transcriptomic data enabled the identification of novel sexually dimorphic AR target genes. We validated the dimorphic expression of AR target genes using published datasets and confirmed regulation by androgens using ex vivo organ cultures. AR targets showed variable expression in patients with androgen insensitivity syndrome. We examined AR function at single-cell resolution using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) in male and female mesenchyme. Surprisingly, both AR and target genes were distributed throughout cell subsets, with few positive cells within each subset. AR binding was weakly correlated with target gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».