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Enregistrement W2963684100 · doi:10.1101/714758

Teichoic acids anchor distinct cell wall lamellae in an apically growing bacterium

2019· preprint· en· W2963684100 sur OpenAlexfundno aff
Eveline Ultee, Lizah T. van der Aart, Dino van Dissel, Christoph A. Diebolder, Gilles P. van Wezel, Dennis Claessen, Ariane Briegel

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of TorontoUniversiteit LeidenEuropean Commission
Mots-clésCell wallTeichoic acidPeptidoglycanGlycanSecondary cell wallBacterial cell structureExtracellularMiddle lamellaBiophysicsBacteriaLamella (surface anatomy)BiologyBiochemistryAnatomyGlycoprotein

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The bacterial cell wall is a dynamic, multicomponent structure that provides structural support for cell shape and physical protection from the environment. In monoderm species, the thick cell wall is made up predominantly of peptidoglycan, teichoic acids and a variety of capsular glycans. Filamentous monoderm Actinobacteria, such as Streptomyces coelicolor , incorporate new cell wall material at the apex of their hyphal cells during growth. In this study we use cryo-electron tomography to reveal the structural architecture of the cell wall of this bacterium. Our data shows a density difference between the apex and subapical regions of chemically isolated sacculi. Removal of the teichoic acids with hydrofluoric acid reveals a rough and patchy cell wall and distinct lamellae in a number of sacculi. Absence of the extracellular glycans poly-β-1,6- 𝒩 -acetylglucosamine and a cellulose-like polymer, produced by the MatAB and CslA proteins respectively, results in a thinner sacculus and absence of lamellae and patches. Extracellular glycans might thus form or lead to the formation of the outer cell wall lamella. Based on these findings we propose a revisited model for the complex cell wall architecture of an apically growing bacterium, in which the network of peptidoglycan together with extracellular polymers is structurally supported by teichoic acids.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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