Complexity and the intersection of social and sexual structure, ecological niches and the epidemic potential of sexually transmitted and bloodborne infections: empirical and theoretical observations
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Incomplete understanding of how context explains heterogeneity in transmission dynamics of sexually transmitted and bloodborne infections (STBBIs) has led to deficiencies in prevention and control activities. Like place-based analyses, social network analysis has held much promise for incorporating context to the study of STBBIs. The costs and complexity associated with empirical network data have limited its full potential. Recent advances in the use of exponential random graph models (ERGM) and molecular epidemiology have re-invigorated network-based research. ERGM theory focuses on local processes creating global network structure, embodying a generative approach to network formation; this approach contends that networks unfold and evolve predictably, thus epidemics should also be similarly predictable. This dissertation aims to combine traditional surveillance methods with advances in network methodologies and orient their use to an applied public health context. Methods: Using public health surveillance data, and focusing on the epidemiology of STBBIs in Winnipeg, the three studies employed a context-based perspective in understanding underlying processes creating observed empirical data. The inequality in the distribution of STBBIs was examined. Networks created through molecular genotyping and through traditional case-and-contact investigations were compared using descriptive statistics and univariate network metrics. Stochastic simulation modelling, based on the ERGM framework, examined the interaction between pathogen characteristics, mixing patterns and network topology. Results: Each STBBI had its own ecological niche, although these were malleable over time. Geographic inequality in the distribution of gonorrhea was decreasing in the context of a growth phase, while also occupying similar geographic space as chlamydia. Molecular epidemiology served a complementary role, revealing potentially hidden links between cases. The most successfully transmitted gonorrhea subtype was associated with chlamydia co-infection. Simulation modelling revealed a relationship between assortative mixing and pathogen infection duration; high levels of assortative mixing muted the modeled epidemic trajectory, with the most drastic effect on infections with shorter duration of infectivity. Conclusion: The three studies cohesively address current challenges in applying context to public health analyses, while expanding our understanding of the mechanisms needed to alter the trajectory of STBBI epidemics. Insights gained from the included analyses form the basis of a proposed context-based surveillance framework.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,007 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».