The Autoimmune Susceptibility Gene, <i>PTPN2</i> , Restricts Expansion of a Novel Mouse Adherent-Invasive <i>E. coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Inflammatory bowel diseases (IBD) involve genetic and environmental factors that play major roles in disease pathogenesis. Loss-of-function single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the protein tyrosine phosphatase non-receptor type 2 ( PTPN2 ) gene increase the risk of IBD and are associated with altered microbiome population dynamics in IBD. Moreover, expansion of intestinal pathobionts, such as adherent-invasive E. coli (AIEC), is strongly implicated in the pathogenesis of IBD as AIEC increases pro-inflammatory cytokine production and alters tight junction protein regulation suggesting a potential mechanism of pathogen-induced barrier dysfunction and inflammation. The aim of this study was to identify if PTPN2 deficiency disturbs the composition of the intestinal microbiome to promote expansion of specific bacteria with pathogenic properties. In mice constitutively lacking Ptpn2 we identified increased abundance of a novel adherent-invasive E. coli (AIEC) that showed similar adherence and invasion of intestinal epithelial cells, but greater survival in macrophages to the IBD associated AIEC, LF82. Furthermore, we confirmed this novel mouse AIEC ( m AIEC) caused disease when administered to germ-free and mice lacking segmented-filamentous bacteria (SFB). Moreover, m AIEC infection increased severity of and prevented recovery from dextran-sodium sulfate (DSS)-induced colitis. m AIEC genome sequence analysis showed >90% similarity to LF82. Interestingly, m AIEC contained distinct attachment genes not found in LF82 thereby also demonstrating the novelty of this AIEC. We show here for the first time that an IBD susceptibility gene, PTPN2 , plays a key role in modulating the gut microbiome to protect against a novel pathobiont. This study generates new insights into gene-environment-microbiome interactions in IBD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».