A novel nested polymerase chain reaction targeting the testis-specific protein Y-encoded family of genes for high sensitivity of recent semen exposure detection: Comparison with four other assays of semen detection
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Because self-report of sexual behaviours is prone to biases, biomarkers of recent semen exposure are increasingly used to assess unprotected sex. We aimed to present a novel nested polymerase chain reaction (PCR) assay targeting testis-specific protein Y-encoded (TSPY) genes and to compare its performance in detecting recent semen exposure with that of four other assays. METHODS: Forty-five vaginal samples were selected at baseline of a prospective observational demonstration study of early antiretroviral treatment and pre-exposure prophylaxis among female sex workers in Benin. Semen exposure was assessed with: a rapid prostate-specific antigen (PSA) detection assay, a quantitative PCR targeting the sex-determining region (SRY) gene, a standard PCR targeting SRY, a standard PCR targeting TSPY, and a nested PCR targeting TSPY (n-TSPY). Because we had hypothesized that n-TSPY would be the most sensitive of the five assays while remaining specific, and as our results suggested that it was the case, sensitivity and specificity were calculated for each assay in comparison with n-TSPY. RESULTS: The n-TSPY could detect male DNA at concentration 16 and 64 times lower compared to s-TSPY and s-SRY, respectively. Among the 45 vaginal samples, prevalences of semen exposure according to the different assays varied from 22.2% (95%CI: 11.2%-37.1%) to 70.5% (95%CI: 54.8%-83.2%), with the highest prevalence measured with n-TSPY. The n-TSPY products were of expected size and we observed no false-positive in female DNA controls. The assay that offered the second best performance in detecting semen exposure was the PSA rapid test, with a sensitivity of 61.3% and a specificity of 100% compared to n-TSPY. CONCLUSIONS: Compared to n-TSPY, all other PCR assays had poor performance to detect semen exposure. The n-TSPY is an accessible assay that may have great utility in assessing semen exposure in studies where many factors are expected to accelerate biomarkers' clearance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».