Exposure to parasitic protists and helminths changes the intestinal community structure of bacterial microbiota but not of eukaryotes in a cohort of mother-child binomial from a semi-rural setting in Mexico
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Around 3.5 billion people are colonized by intestinal parasites worldwide. Intestinal parasitic eukaryotes interact not only with the host, but also with the intestinal microbiota. In this work, we studied the relationship between the presence of multiple enteric parasites and the community structure of the bacterial and eukaryote intestinal microbiota in an asymptomatic cohort of mother-child binomials from a semi-rural community in Mexico. The intestinal parasites identified were Blastocystis hominis, Entamoeba histolytica/dispar, Endolimax nana, Chilomastix mesnili, Iodamoeba butshlii, Entamoeba coli, Hymenolepis nana and Ascaris lumbricoides. We sequenced bacterial 16S rDNA and eukaryotic 18S rDNA in fecal samples of 46 mothers and their respective children, with ages ranging from two to twenty months. Although we did not find significant alpha-diversity changes, we found a significant effect of parasite exposure on bacterial beta-diversity, which explained between 5.2% and 15.0% of the variation of the bacterial community structure. Additionally, exposure to parasites was associated with significant changes in relative abundances of bacterial taxa, characterized by increases in the Clostridia and decreased Actinobacteria and Bacteroidia abundances. There were no significant changes of intestinal microeukaryote abundances associated with parasite exposure. However, we found several significant positive correlations between intestinal bacteria and eukaryotes, including co-occurrence of the fungi Candida tropicalis with Bacteroides and Actinomyces, and Saccharomycetales with Bifidobacterium and Prevotella copri. These bacterial community structure changes associated with parasite exposure imply effects on microbial metabolic routes, host nutrient uptake abilities and intestinal immunity regulation in host-parasite interactions. IMPORTANCE The impact of intestinal eukaryotes on the prokaryotic microbiome composition of asymptomatic carriers has not been extensively explored, especially in children and in hosts with multiple parasites. In this work, we studied the relationship between protist and helminth parasite colonization and intestinal microbiota structure in an asymptomatic population of mother-child binomials from the semi-rural community of Morelos in Mexico. We found that the presence of parasitic eukaryotes correlated with changes in the bacterial community structure in the intestinal microbiota in an age-dependent way. This was characterized by an increase of the relative abundance of the class Clostridia and the decrease of Actinobacteria and Bacteroidia. While there were no significant associations between the presence of parasites and microeukaryote community structure, we observed strong positive correlations between bacterial and eukaryote taxa, identifying novel relationships between prokaryotes and fungi, and reflecting the diet of the human population studied.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».