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Enregistrement W2965205405 · doi:10.12688/f1000research.19320.1

Introduction to Genomic Analysis Workshop: A catalyst for engaging life-science researchers in high throughput analysis

2019· preprint· en· W2965205405 sur OpenAlex
Phillip A. Richmond, Wyeth W. Wasserman

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueF1000Research · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaWestern Canada Research GridCompute CanadaBC Children's Hospital
Mots-clésOpen peer reviewPlant biologyThroughputOpen scienceComputational biologyData scienceBiologyNeurosciencePhysiologyComputer sciencePhysicsTelecommunications

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Researchers in the life sciences are increasingly faced with the task of obtaining compute resources and training to analyze large, high-throughput technology generated datasets. As demand for compute resources has grown, high performance computing (HPC) systems have been implemented by research organizations and international consortiums to support academic researchers. However, life science researchers lack effective time-of-need training resources for utilization of these systems. Current training options have drawbacks that inhibit the effective training of researchers without experience in computational analysis. We identified the need for flexible, centrally-organized, easily accessible, interactive, and compute resource specific training for academic HPC use. In our delivery of a modular workshop series, we provided foundational training to a group of researchers in a coordinated manner, allowing them to further pursue additional training and analysis on compute resources available to them. Efficacy measures indicate that the material was effectively delivered to a broad audience in a short time period, including both virtual and on-site students. The practical approach to catalyze academic HPC use is amenable to diverse systems worldwide.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,010
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,225
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0100,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0050,007
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0030,005
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,057
Tête enseignante GPT0,373
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle