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Enregistrement W2965429867 · doi:10.1111/cge.13613

Comprehensive characterization of a Canadian cohort of von Hippel‐Lindau disease patients

2019· article· en· W2965429867 sur OpenAlexafffundabout
Yasser Salama, Saleh Albanyan, Marta Szybowska, Garrett Bullivant, Bailey Gallinger, Rachel H. Giles, L. Sylvia, Chansonette Badduke, Andreea Chiorean, Harriet Druker, Shereen Ezzat, Fady Hannah‐Shmouni, Karen Hernandez, Cara Inglese, Payal Jani, Yuvreet Kaur, Hatem Krema, Lior Krimus, Normand Laperrière, Zsuzanna Lichner, Özgür Mete, Marisa Sit, Gelareh Zadeh, Michael A.S. Jewett, David Malkin, Tracy Stockley, Jonathan D. Wasserman, Wei Xu, Nathan F. Schachter, Raymond H. Kim

Notice bibliographique

RevueClinical Genetics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer, Hypoxia, and Metabolism
Établissements canadiensSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMcMaster UniversityUniversity of TorontoUniversity Health NetworkSickKids FoundationToronto Western HospitalPrincess Margaret Cancer CentreHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesHospital for Sick Children
Mots-clésVon Hippel–Lindau diseasePenetranceMissense mutationMedicineFrameshift mutationCohortDiseaseHemangioblastomaPopulationBioinformaticsGenetic testingOncologyInternal medicineGeneticsPathologyBiologyMutationPhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Von Hippel-Lindau disease (VHL) is a heritable condition caused by pathogenic variants in VHL and is characterized by benign and malignant lesions in the central nervous system (CNS) and abdominal viscera. Due to its variable expressivity, existing efforts to collate VHL patient data do not adequately capture all VHL manifestations. We developed a comprehensive and standardized VHL database in the web-based application, REDCap, that thoroughly captures all VHL manifestation data. As an initial trial, information from 86 VHL patients from the University Health Network/Hospital for Sick Children was populated into the database. Analysis of this cohort showed missense variants occurring with the greatest frequency, with all variants localizing to the α- or β-domains of VHL. The most prevalent manifestations were central nervous system (CNS), renal, and retinal neoplasms, which were associated with frameshift variants and large deletions. We observed greater age-related penetrance for CNS hemangioblastomas with truncating variants compared to missense, while the reverse was true for pheochromocytomas. We demonstrate the utility of a comprehensive VHL database, which supports the standardized collection of clinical and genetic data specific to this patient population. Importantly, we expect that its web-based design will facilitate broader international collaboration and lead to a better understanding of VHL.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,182
Score d'incertitude au seuil0,453

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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