Hepatic proteome network data in zebrafish (Danio rerio) liver following dieldrin exposure
Notice bibliographique
Résumé
Dieldrin is an environmental contaminant that adversely affects aquatic organisms. The data presented in this study are proteomic data collected in liver of zebrafish that were exposed to the pesticide in a dietary exposure. For label free proteomics, data were collected with a quadrupole Time-of-Flight mass spectrometer and for iTRAQ proteomics, data were acquired using a hybrid quadrupole Orbitrap (Q Exactive) MS system. Using formic acid digestion and label free proteomics, 2,061 proteins were identified, and among those, 103 were differentially abundant (p < 0.05 in at least one dose). In addition, iTRAQ proteomics identified 722 proteins in the liver of zebrafish following dieldrin treatment. The label-free approach identified 21 proteins that followed a dose dependent response. Of the differentially abundant proteins identified by iTRAQ, there were 26 unique expression patterns for proteins based on the three doses of dieldrin. Proteins were queried for disease networks to learn more about adverse effects in the liver following dieldrin exposure. Differentially abundant proteins were related to metabolic disease, steatohepatitis and lipid metabolism disorders, drug-induced liver injury, neoplasms, tissue degeneration and liver metastasis. The proteomics data described here is associated with a research article, “Label-free and iTRAQ proteomics analysis in the liver of zebrafish ( Danio rerio ) following a dietary exposure to the organochlorine pesticide dieldrin” (Simmons et al. 2019). This investigation reveals new biomarkers of toxicity and will be of interest to those studying aquatic toxicology and pesticides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».