Gene Ontology and Expression Studies of Strigolactone Analogues on a Hepatocellular Carcinoma Cell Line
Notice bibliographique
Résumé
Human hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common and recurrent type of primary adult liver cancer without any effective therapy. Plant-derived compounds acting as anticancer agents can induce apoptosis by targeting several signaling pathways. Strigolactone (SL) is a novel class of phytohormone, whose analogues have been reported to possess anticancer properties on a panel of human cancer cell lines through inducing cell cycle arrest, destabilizing microtubular integrity, reducing damaged in the DNA repair machinery, and inducing apoptosis. In our previous study, we reported that a novel SL analogue, TIT3, reduces HepG2 cell proliferation, inhibits cell migration, and induces apoptosis. To decipher the mechanisms of TIT3-induced anticancer activity in HepG2, we performed RNA sequencing and the differential expression of genes was analyzed using different tools. RNA-Seq data showed that the genes responsible for microtubule organization such as TUBB, BUB1B, TUBG2, TUBGCP6, TPX2, and MAP7 were significantly downregulated. Several epigenetic modulators such as UHRF1, HDAC7, and DNMT1 were also considerably downregulated, and this effect was associated with significant upregulation of various proapoptotic genes including CASP3, TNF- α , CASP7, and CDKN1A (p21). Likewise, damaged DNA repair genes such as RAD51, RAD52, and DDB2 were also significantly downregulated. This study indicates that TIT3-induced antiproliferative and proapoptotic activities on HCC cells could involve several signaling pathways. Our results suggest that TIT3 might be a promising drug to treat HCC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».