Notice bibliographique
Résumé
Natural antibodies are an innate-like subset of serum antibodies involved in host defense, tumor surveillance, homeostasis, and autoimmunity.Defining the natural antibody repertoire is critical for identifying biomarkers, developing vaccines, controlling and preventing autoimmunity, and understanding the development and organization of the immune system.While natural antibodies to protein antigens have been studied in depth, little is known about natural antibodies to carbohydrate antigens.To address this, we profiled IgM from umbilical cord blood and matched maternal sera on a glycan microarray.Since standard methods to detect maternal contamination in cord serum did not have sufficient sensitivity for our study, we developed a highly sensitive microarray-based assay.Using this method, we found that over 50% of the cord samples had unacceptable levels of maternal contamination.For the cord samples with high purity, anti-glycan IgM antibodies were prevalent and recognized a broad range of non-human and human glycans.Using principal component analysis and hierarchical clustering, cord IgM repertoires showed a high degree of similarity with each other but were distinct from maternal IgM repertoires.Our results demonstrate that many anti-glycan antibodies in human serum are natural antibodies and provide new insights into the development of anti-glycan antibody repertoires. AbbreviationsThe abbreviations used are: BG-A, blood group A; BG-B, blood group B; HSA, human serum albumin.LeX, Lewis X; LeC, Lewis C; SSEA4, stage-specific embryonic antigen 4; SSEA5, stage specific embryonic antigen 5. Monosaccharide residues are abbreviated as follows: Fuc, fucose; Gal, galactose; GalNAc, N-acetyl-galactosamine; Glc, glucose; GlcNAc, N-acetyl-glucosamine; Neu5Ac, N-acetylneuraminic acid.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».