LARP1 facilitates translational recovery after amino acid refeeding by preserving long poly(A)-tailed TOP mRNAs
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Occasionally, cells must adapt to an inimical growth conditions like amino acid starvation (AAS) by downregulating protein synthesis. A class of transcripts containing 5’terminal oligopyrimidine (5’TOP) motif encodes translation-related proteins such as ribosomal proteins (RPs) and elongation factors, and therefore, their translation is severely repressed during AAS to conserve energy 1 . The RNA-binding protein LARP1 transduces amino acid signaling to TOP gene expression by controlling translation and stability of TOP mRNAs 2-6 . When released from AAS, translation machineries in turn have to be restored, however, the underlying mechanism of such re-adaptation is largely unknown. Here we show that LARP1 preserves TOP mRNAs in a long polyadenylated state during long-term AAS. We found that TOP mRNAs become highly polyadenylated when cells are in AAS or treated with the mTOR (mechanistic target of rapamycin) inhibitor Torin1. Importantly, depletion of LARP1 completely abrogated the polyadenylation of TOP mRNAs. Comprehensive analysis of poly(A) tail length using the Nanopore direct RNA sequencing revealed that TOP mRNAs are selectively polyadenylated under mTOR inhibition. Since a long poly(A) tail confers increased stability and polysome formation of TOP mRNAs, we predict that LARP1-dependent preservation of TOP mRNAs enables rapid translational resumption after the release from AAS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».